Lucrarile de restaurare de la Mogosoaia sunt intrerupte in timpul razboiului, incepand cu 1916. Martha Bibescu va ramane la Mogosoaia, dar va merge aproape zilnic la Bucuresti, unde va lucra in spitalul fondat de Regina Maria. In noiembrie 1916, palatul din Mogosoaia este bombardat de aviatia germana, proprietara lui marturisindu-i arhiepiscopului Raymond Netzhammer ca "a fost luat ca obiectiv din cauza acoperisului sau mare si usor de reperat de la distanta".

Distrugerile au fost importante, nu atat la palat, cat la Vila Elchingen. Revenind la Mogosoaia pe 16 ianuarie 1917 - de teama ca germanii sa nu rechizitioneze domeniul -, Martha Bibescu constata, impreuna cu arhiepiscopul Netzhammer, proportiile dezastrului: "Castelul vechi, care necesita inca multe reparatii ca sa fie locuibil, are un aspect fantomatic. (...) Razboiul a trecut prin si peste casa. Ea zboara repede prin saloanele si sufrageriile parterului. Totul este distrus: mobila furata si cea ramasa sfaramata si facuta surcele, geamurile sparte, podelele pline de moloz si gunoi, usile scoase din balamale. Urca pe scara distrusa in camerele de locuit si in dormitoare. Aici, aceeasi jalnica distrugere".

Cu toate acestea, dupa ocuparea Bucurestiului, Martha Bibescu va refuza sa se retraga la Iasi, impreuna cu familia regala si guvernul roman, ramanand in capitala ocupata de germani, unde se va ocupa in continuare de spital si va rezida la Mogosoaia. Aici, va supraveghea lucrarile de restaurare, va reamenaja vila, va locui un timp si la palatul cumnatului ei, printul Barbu Ştirbey, din Buftea, care fusese bombardat si devastat de germani. Vizita maresalului Mackensen la Buftea a surprins-o in palat, ceea ce a dat nastere acuzelor de colaborationism de dupa razboi. De aceea, pentru a evita toate aceste zvonuri, la 1 mai 1917 Martha va pleca in Elvetia, unde doua drame familiale o zdruncina puternic: sinuciderea lui Emanuel Bibescu (22 august 1917), varul mult iubit, urmata apoi de cea a sorei sale, Margareta (pe 4 aprilie 1918).

In lipsa ei, pe 19 mai 1917, palatul de la Mogosoaia va fi vizitat de maresalul August von Mackensen, cuceritorul Bucurestiului. Acesta a cercetat amanuntit biserica si palatul, episcopul Netzhammer oficiind serviciile de ghid si amintindu-i de "marele ziditor Brancoveanu, soarta lui nenorocita si moartea tragica la Constantinopol". "Marea curte a castelului si gradinile sunt in stare relativ buna - nota Netzhammer -, cu toate ca se pot observa urmele cizmelor grele soldatesti pe iarba si printre flori". In final, Mackensen aprecia: "Faptul ca printesa Martha Bibescu a hotarat sa salveze cea mai frumoasa cladire civila din epoca voevodala clasica de la pieire, sa o restaureze in interior si in exterior, sa fie iar locuibila, dovedeste adanca ei dragoste de patrie si ca a executat totul cu energie si cu bunavointa".